Nadchádzajúci update OS X El Capitan 10.11.1, ktorý bude prístupný už v najbližšej dobe, prinesie riešenie pre problémy kompatibility OS s Microsoft Office 2016. Od predstavenie nového OS X El Capitan, užívatelia Office 2016 našli mnohé chyby a mnohí považujú program za takmer nepoužiteľný. Problémom sú časté zamrznutia alebo niekedy sa dokonca Office vôbec nezapne.
Microsoft informoval, že o problémoch vie už dva týždne a je v procese riešenia. Tento týždeň pridali do Office nové možnosti a bezpečnostné vylepšenia, ale priznávajú, že problém s kompatibilitou s El Capitan tým nevyriešili. Microsoft tvrdí, že spolupracuje s Apple na riešení, pretože problém nie je na strane Office 2016, ale je na strane OS.
Užívatelia staršej verzie Office 2011 sa obávali, že takisto budú musieť riešiť podobné problémy, avšak Microsoft bol schopný opravit chyby na verzii 2011 updatom, ktorý vyšiel 7.10.2015.